Sequençage d'adn + 2nd seminaire + ramen pour se remettre !

Jeudi 13 mai 2010

En ce jour férié en France, j'ai pas chômé, durant l'aprem, au Japon !

tout d'abord ça a commencé par la suite de la PCR cad le séquençage de l'adn...
ça se passe dans un autre bâtiment, dans une petite salle où ils ont tellement optimisé la place sur les paillasses pour y installer tout plein de instruments super couteux qu'il n'y plus de place pour manipuler... ce qui fait que l'on manipule dans le vide en utilisant les tabourets comme paillasse pour y déposer notre petit panier transportant tout notre matériel + le bac à glace pour les échantillons !

2h30 après avoir lancé le séquençage... il faut vite libérer la place parce qu'ici le séquençage ça se fait la chaine ! et on arrive au même fatidique où il faut apporter les résultats des expériences au prof qui sache enfin s'il a fait ou non une erreur en nous prenant comme stagiaire... de toute façon avec Jisaka-sensei, il n'y a pas d'ambiguité, il m'annonçait directement (avec un grand sourire) qu'il allait regarder la qualité des 4 PCR que j'avais faits !
Au final, il ne va pas me renvoyer illico presto en France vu que mes résultats sont plutôt bons et qu'il a pu en tirer des résultats intéressants... OUFFFF !
et me revoilà repartie, à 18h30, à faire pour demain une autre série de 4 PCR avec les mêmes échantillons... mais cette fois-ci avec un primer différent !
N.B. : un primer est une amorce nécessaire à la protéine pour qu'elle copie le fragment d'ADN
La question maintenant est de savoir si je vais voler en solo ou si je vais encore être sous la surveillance d'une de ses étudiantes?? en ce qui me concerne les deux me vont ! =D

Fiona, de son côté, a continué son test ELISA avec Sharif, le matin.
N.B. ELISA = technique d'immunodétection qui permet de détecter la présence d'un anticorps ou d'un antigène dans un échantillon.
et l'aprem elle est allée faire le tour des temples et des sanctuaires qu'elle a pu trouver à Matsue... en se perdant ... heureusement que les japonais sont très serviables sinon je ne l'aurai jamais retrouvé ma p'tite Fiona perdue je-ne-sais-où dans matsue!

à 19h30, le 2nd séminaire de la semaine !... en fait il n'a commencé qu'à 20h et quelques, parce que Yokota-sensei n'est pas arrivé à l'heure...
même si le thème reste toujours l'adipogénèse, on a changé de publication...
Ce séminaire s'est déroulé en 2 temps, vu qu'il y a des étudiants chinois et japonais, dans un 1er temps, Yokota-sensei parle, en japonais, avec eux, du paragraphe de la publi (écrite en anglais) ... ensuite il reprend ce même paragraphe avec nous autres non japonais...
il a choisi de nous faire lire tour à tour avec Fiona... ce qui fait que j'ai dû lire non pas 1 mais 2 paragraphes super longs avec plein de mots dont je ne savais même comment les prononcer ! et puis j'ai dû en résumer 1 au tableau (une vraie colle !) avec un schéma explicatif à la clef... le seul bon point, c'est qu'il a trouvé que je comprenais assez rapidement les infos contenues dans les paragraphes... YES !
et comme l'autre fois, il en a profité pour nous demander les noms des chanteurs étrangers (anglais et américain) que l'on connaissait puis les chanteurs français (ben j'ai dit Johnny parce qu'il a prévu un concert au Japon... donc je pensais qu'il le connaitrait... eh ben raté !)
--> 21h15 c'était enfin fini !

et on avait faim ! alors on est allé dans un resto qui
se trouve pas très loin de chez nous...
un resto de ramen (soupe japonaise)... mais seul problème...
c'est que tout... était... en JAPONAIS...
pas une seule trace d'anglais...
et peu de photos !

heureusement la serveuse parlait un peu anglais alors on lui a demandé d'essayer de nous traduire une partie de la carte ...
Au bout du compte on a pris chacune un énorme bol de ramen + soit des sortes de raviolis grillés avec du riz blanc (Fiona) soit du riz sauté à la
chinoise (moi)

mon repas --

-- le repas de Fiona

Ensuite on est allée faire un petit tour pour digérer tout ça (car c'était super conséquent !! ) en direction de la gare de Matsue (~35min) pour repérer les lieux pour demain. vu que Fiona va à Tokyo et moi à Kyoto dès vendredi, autant avoir une idée de là où on doit aller exactement pour ne pas rater le départ !

journée bof bof...

Mercredi 12 mai 2010

Temps gris mitigé entre pluie et éclaircies !

J'ai pris mes billets de bus pour aller à Kyoto ce WeekEnd.
je pars vendredi soir à 23h45 et j'arrive sur place à 5h30.
je repars dimanche soir à 23h30 et j'arrive le lendemain à 5h45 juste à temps pour prendre une douche et retourner à l'université pour reprendre la suite du stage...

Une journée totalement vide d'activités... j'ai passé ma journée sur Internet à essayer de faire des recherches susceptibles de me servir pour les prochains jours mais mis à part le séquençage de l'ADN (suite des PCR) qui est prévu pour demain 14h et un deuxième séminaire de Yokota... raa suspens qui va passer au tableau pour expliquer la suite de la publi.... sinon ya rien de palpitant qui se profile à l'horizon !

Aujourd'hui c'est au tour de Fiona de travailler !
à elle les expériences...

...ELisa...

Enfin truc sympa à noter : NOTRE BENTO, fait dans la joie et la très bonne humeur !
2ème fois que nous nous servions du Rice Cooker et cette fois-ci toutes seules et résultat : l'ensemble était appétissant et délicieux! Malgré les difficultés à l'apporter à l'université... La boite était trop grande pour le panier de mon vélo...

Les PCR commencent...

Mardi 11 mai 2010 (suite)

en ce deuxième jour de stage, j'avais donc rendez vous à 13h pour réaliser les PCR...
bon, Jisaka-sensei a délégué le travail à Marie-san (prénom français mais ça elle ne le savait pas !)

Au Japon, on met des pantoufles dès que l’on rentre dans une maison, un temple, une école... Mais c’est fou le nombre de fois que l’on change de pantoufles dans un même bâtiment. Dès que l’on arrive à l’étage où se trouvent les laboratoires dans lesquels on travaille, à peine sortie de l’ascenseur à peine on enfile une paire de pantoufles et on laisse nos chaussures

dans l’ « abri à chaussures ».

Lorsque l’on va aux toilettes, rebelote, on change de pantoufles et il ne faut surtout pas franchir le seuil tant que l’on n’a pas changé, ahhh sacrilège !

à l'entrée des toilettes on trouve des chaussons 'spéciaux'

et je change aussi dans le laboratoire même !

devant le labo où je travaille

Alors imaginez le nombre de fois où l’on rentre et sort du labo pour aller chercher les produits nécessaires à la PCR qui se trouvent, tous !!, à l’autre bout de l’étage mais pas dans la même pièce et que l’on ne prend pas en même temps parce que … en fait je ne sais même pas pourquoi… ou lorsque l’on a besoin de glace et qu’elle se trouve 2 étages en dessous, devant la cage d'escaliers
ou juste pour aller aux toilettes…….
Au moins 15 fois et ça sans compter le changement chaussures<->chaussons lors des allées-venues : matin, midi et soir… ça en fait des paires de chaussons à prévoir. Heureusement, qu’il y en a un peu partout

Marie-san m'a montré plein de recoins de notre étage... à tel point qu'à la fin j'ai bien failli me perdre!

ma paillasse...

La journée s’est finie sur un séminaire de Yokota-sensei, à 19h30.
Le matin, on nous avait donné la publication sur laquelle allait porter ce séminaire et tout au long de la journée Sharif nous a donné des documents supplémentaires. Avec Fiona, nous n’avions aucune idée de comment cela allait se dérouler et à quelle heure on allait pouvoir rentrer chez nous !
En plus, contrairement à ce que l’on avait pensé, ce n’est pas Yokota-sensei qui nous fait la conférence mais … Sharif… en mode *Hai, Sensei (oui, Professeur)*, il ne se laisse pas démonter malgré les incessantes interruptions de Yokota-sensei pour le faire répéter de la manière dont lui le veut… on aurait dit une vraie colle, retour à Lakanal en prépa ! sauf que nous aussi il nous faisait participer si c’était pas en nous demandant de lire un paragraphe (en anglais !), c’était en oubliant totalement le séminaire et en nous posant des questions sur l’histoire de l’aspirine, les grandes industries pharmaceutiques françaises (euh.. BOIRON… mais personne ici ne connait…), l’histoire, la politique (ah ça il connait Sarko, sa femme et leurs origines…), les retraites françaises, le Bangladesh. Toutes les occasions étaient bonnes et il n’en loupait aucune pour changer de sujet... En résumé, le séminaire n’est qu’un prétexte à assouvir l’activité favorite de Yokota-sensei : à savoir, parler des cultures étrangères !

21h15 c’était fini… et nous, on avait très faim !

Opération parapluie !

Mardi 11 mai 2010

Aujourd'hui il pleut... pluie fine...
Aujourd'hui c'est, donc, tentative d'imiter les Japonais sous la pluie...
c'est à dire rouler et en même temps tenir son parapluie d'une main et de l'autre gérer le guidon du vélo en arc de cercle pour éviter tous les obstacles et surtout ne pas tomber dans le cours d'eau...
pas si facile que ça !!
mais opération réussie... enfin nous sommes arrivées en vie et intactes à l'université mais trempée des genoux jusqu'aux hauts des cuisses.

niveau température on est loin des 25°C de dimanche avec nos pauvres petits 9°C.

Testée ou juste réflexion collective ??

10 mai 2010

Aujourd’hui j’ai eu mon premier entretien avec Jisaka-sensei… qui parle (il faut le souligner !!) super bien anglais... 2 ans aux Etats-Unis ça a du bon !!

Moi qui m’attendais à une présentation grossière de ses travaux et ensuite une visite du laboratoire soit avec lui soit avec un des ses assistants… ben je me suis plantée !

Alors, d’abord, il m’a demandé d’emblée qu’est ce que je savais faire… 1^ère colle !!! Quoi répondre ? S’attendait-il à ce que je lui liste tous les TP que j’avais faits ? Tous les protocoles que j’avais vus ? ou s’attendait il à autre chose ?

Vu que j’avais lu le résumé de ses travaux que nous avait envoyé Yokota-sensei, j’ai répondu que j’avais déjà participé à l’extraction d’ADN de rat et par la même occasion réalisé une PCR. Autant mettre les pieds dans le plat d’autant que j’allais devoir en refaire des PCR.

N.B. Une PCR est une technique qui permet de copier un fragment d’ADN en de nombreuses copies, « normalement » toutes identiques au fragment de départ.

Ensuite il m’a demandé comment je ferai pour trouver dans un certain nombre de copies du même ADN, celles qui ont la séquence exacte de l’ADN de la mousse étudiée, pour pouvoir ainsi la publier sans erreur. 2^nde colle….

1^ère tentative de réponse --> traduire l’ARN en protéine et voir si la protéine obtenue est fonctionnelle ou non. Éliminer alors les ARN produisant la mauvaise protéine.

...même si l'ARN copié contient des erreurs, il y a une probabilité pour que la protéine puisse quand même être fonctionnelle ! moi et les proba ça a toujours fait 2... c'est pas le Japon qui allait changer la donne !

2ème tentative --> Northern Blot !

la reconnaissance entre l'ARN de la protéine d'intérêt avec une sonde spécifique (= fragment court d'ADN de mousse) suivie par la révélation de cette reconnaissance sur gel d'électrophorèse

Bon cette idée il l'a un peu discuté mais ça n'a pas eu l'air de lui déplaire...

Après il m'a juste dit que pour m'entraîner à manipuler j'allais réaliser 4 PCR sur 4 fragments d'ADN de mousse (de 2,6 kb) pour ensuite les séquencer. donc RDV demain à 1PM ...

A selle de bicyclette

Dimanche 9 mai 2010

à 12h rendez vous avec Shahi (chercheur aidant mon maitre de stage Jisaka-sensei) pour aller acheter des bicyclettes !!
Après avoir fait le tour des "Recycle shop" (i.e. magasin d'occaz) pour comparer les prix, finalement, nous avons trouvé notre bonheur dans un magasin type Truffault ou Jardiland, deux belles bicyclettes neuves (~75 euros) avec antivol intégré, sans vitesse mais avec une selle ultra confortable loin des selles tape-culs que l'on a en France. Il nous a aussi fallu acheter une licence pour les vélos pour avoir le droit de les conduire mais aussi en cas de vol ou d'infraction.


L'antivol est à la fois discret et efficace... Quand nous sommes arrivées à Osaka nous nous sommes étonnées, avec Fiona, de ne voir aucun antivol sur les vélos qui étaient laissés dans la rue... ils ont confiance en tout le monde ces Japonais !!
mais, en fait, c'est pas tout à fait vrai, même si le risque de se faire voler est quasi nul, il n'empêche que les policiers japonais recommandent de mettre un antivol...

alors quoi de mieux qu'un antivol intégré au niveau de la tige de la selle du vélo!!

Facile, invisible et ludique !

1ère utilisation du vélo --> DIRECTION MATSUE-JO: le château de Matsue !

Sticky or not Sticky ? That’s the question !!

Dimanche 9 mai 2010

Ce soir, nous étions invitées à rejoindre Shahi, chercheur aidant mon maitre de stage, devant Best, le magasin d’informatique de Matsue, à 18h. Et on a été agréablement surprise de voir que non seulement il avait invité Pinky et Sharif (celui sur la droite) mais également quasiment l’ensemble du personnel Bangladeshois (ou c’est Bangladeshien ?? Bengladeshi… ??) du Département des sciences de la Vie et de l’Environnement à notre petite escapade dans Matsue !
Petite escapade qui a commencé par un arrêt sur une rive du lac Shinji à proximité du Vogel Park où l’on avait une vue imprenable sur le lac et sur le coucher du soleil. Un peu frisquet mais impressionnant ! Mais pour se réchauffer rien de mieux qu’un café chaud acheté dans l’un des distributeurs à cannettes dont recèle n’importe quelle superette japonaise…

<----- Shinji Lake

Ensuite nous sommes allées à Saty. Il s’agit d’un magasin du genre les Galeries Lafayette en beaucoup plus étendu. Sur 3 étages vous avez l’embarras du choix. Quoique vous cherchiez : informatique, vêtements, vélo, sport, bricolage… vous le trouverez à Saty… Et pour celles (et peut etre ceux … on sait jamais) qui adorent les accessoires de cuisine : c’est la caverne d’ Ali baba en mieux puisque, en plus, ya tout plein de formes et de motifs plus originaux les uns que les autres !!!

_ 1er étage (enfin le rez de chaussée, mais au Japon c’est considéré comme un étage) : c’est l’alimentaire et la parfumerie.
_ 2ème étage : c’est majoritairement des vêtements féminins ou accessoires (maroquinerie…)
_ 3ème étage tout le reste : de l’équipement audiovisuel au linge de maison en passant par le textile enfant.
Après une bonne heure passée à découvrir ce lieu et à se dire qu’il faudra prendre le temps pour réellement tout voir et peut être acheter… nous sommes rentrées après avoir acheté le repas du soir et 2kg de riz…

Au menu assortiment de brochettes panées surprises et riz « sticky » maison…
Faire du riz au Japon ça ne s’invente pas et eh oui !! comme tout ce que l’on vit au Japon, on s’aperçoit que même pour les choses que l’on pense être basiques, des prérequis sont nécessaires…

_ Tout d’abord, l’achat du riz… contrairement à la France où les sachets de riz s’achètent pour des poids variant de moins de 250g à au max 2kg… Au japon, on parle direct de sac au lieu de sachet et ça commence à 2kg et il n’y a pas réellement de limite de poids : acheter 10, 20 voire 50kg de riz c’est quasiment monnaie courante… bon, nous, nous sommes restées assez raisonnables sur le poids (2kg) car, comme vous le lirez par la suite, c’était pas gagné pour arriver à en consommer même 50g !
_ Lors de nos achats, on a été assisté par Shahi et Azad, qui nous conseillait selon la qualité du riz, son prix et sa tendance à être « sticky ». En définitive, au japon, il faut retenir que, quel que soit le riz que vous achetez, au Japon, il sera toujours « sticky ».
_ L’utilisation d’un RiceCooker… ah ah LE grand moment… de solitude.

Regardez un peu cette jolie machine quasi ronde… avec ces 4 petits boutons… en japonais… et livré un mode d’emploi… devinez en quelles langues… Toutes sauf la bonne…


En plus il faut dire qu’on a pas pris le RiceCooker le plus simple avec ses 7 programmes écrits en kanji. Mais lequel est le bon ? lequel chauffe suffisamment pour cuire notre tasse et demie de riz ???




Première chose à faire c’est rincer le riz dans la cuve de l’autocuiseur: c'est-à-dire éliminer le maximum d’amidon en le rinçant à l’eau jusqu’à ce que l’eau devienne claire.

pas très claire tout ça !!

Puis ajouter au riz 1 tasse et demie d’eau par tasse de riz.
Facile !! … Et ensuite lancer la machine…
et c’est là.... que tout bascule…

Ben au bout d’une heure d’essai non fructueuse, on est allée toqué chez la voisine qui ne nous avait jamais encore rencontrées… ben elle n’a pas été déçue… elle a ouvert en pijama à deux filles qui ne savaient pas dire un mot de japonais pour expliquer la situation mise à part Sumimasen (désolées) et Gohan (=riz cuit) avec en main le mode d’emploi de la satanée machine…

Enfin, elle a accepté de venir nous aider, et avec l’aide d’une autre de nos voisines qui était arrivée entre temps, elles sont arrivées à la mettre en marche en appuyant une fois sur deux boutons et à nous expliquer qu’il fallait juste que l’on patiente jusque ça sonne. Et DING DING c’est cuit et délicieux… repas dégusté vers les 23h !!